眼药水包装上的保质期通常是指使用未开封的瓶子，一般为1~3年。一旦打开使用，如果4周后仍未用完，应立即丢弃。
眼药水打开后，保存环境发生了变化，药效会逐渐减弱。药液在使用和储存过程中，还可能受到空气中微生物的污染，带来潜在的安全隐患。如果使用方法不当，眼药水会接触到角膜，会导致眼睛感染的风险更大。
为了尽可能延长使用寿命，市面上大多数眼药水都添加了抑菌剂(防腐剂)。然而，抑菌剂本身也会对眼睛产生影响，所以它们都处于相对浓度，代价是它们在延长眼药水寿命方面的作用有限。目前，一般建议眼药水在开眼后4周内安全使用。目前，为了解决这一矛盾，一些眼药水在生产过程中被分装成小瓶单剂量滴眼液。
对于不经常使用眼药水的人来说，4周后丢弃眼药水是很浪费的。建议这类人选择不含防腐剂的小滴眼药水。此外，由于小瓶子没有瓶盖，它们暴露在空气中几个小时内滴出。使用本滴眼液时，请注意保持清洁，不要污染瓶口。如果周围卫生条件差，空气有灰尘，不建议使用此类产品。
眼药水可在室温下保存。如特别注明需要冷藏的，应按说明书处理。滴眼药水前要洗手，以免感染。眼药水应滴于下眼睑与眼球之间的结膜囊内。瓶口不能接触眼睛，一次滴一两滴即可。滴完眼药水后闭上眼睛，按压下眼角1-2分钟，防止药物进入鼻腔和口腔，引起口苦等全身症状。